Seen

Im Park gibt es 26 größere und kleinere natürliche Seen. Ihre Gesamtfläche beträgt 1484,2 ha. 90% der Fläche machen die drei größten Seen aus: Plateliai, Ilgis und Beržoras. Der Grund dieser Seen ist sehr uneben, in allen drei Seen gibt es Inseln (im See Plateliai sieben, im Ilgis zwei, im Beržoras eine). Der schönste, sauberste und tiefste See in Niederlitauen und im Nationalpark ist der See Plateliai. Seine Fläche beträgt 1205 ha, die durchschnittliche Tiefe beträgt 10,5 m, die tiefste Stelle 47 m und der See liegt 146,5 m über dem Meeresspiegel. Das Ufer ist 31 km lang.
Im Park gibt es viele kleine Seen, 22 mit einer Größe bis 5 ha und zehn, die weniger als 1 ha groß sind.
In den Seen Burgis und Luokis kann man Wasserlinsenkolonien beobachten, in den Seen Burgis, Burgalis und Skyplaičiai Algenkolonien. Diese Seen werden nach einer Direktive der EU dem Typ der "Seen mit Algenpopulation" zugeordnet. Die Seen Vaivadė (Petreikis), Burgis und Endriuškaičiai, besonders ihre torfigen Buchten, sind mit Laichkraut bewachsen. In diesen Seen gibt es viele natürliche Nährstoffe. Sie werden dem Typ "eutrophische Seen" zugeordnet. Außerdem gibt es im Park kleine Seen, die von Mooren umgeben sind. Diese werden dem Typ "dystrophische Seen" zugeordnet. In diesen Seen gibt es fast keine Pflanzen, das Wasser ist wegen der Torf- und Humussäuren braun. Beispiele hierfür sind die Seen Lestis, Piktežeris und Aklaežeris.